《南通大学学报（医学版）》是南通大学主办的综合性医学类学术刊物，双月刊，国内外公开发行。创刊于1981年，发表了大量“973”计划、“863”计划、国家自然科学基金和省部级各类基金资助论文，受到作者和读者的欢迎，先后在江苏省高校和全国医学院校学报质量评比中获奖，并被评为交通部优秀科技期刊。2009经国家新闻出版总署同意《南通医学院学报》更名为《南通大学学报(医学版)》，刊号为：CN 32-1807/R，ISSN 1674-7887，主办单位由原南通医学院变更为南通大学。正式批准更名后的《南通大学学报(医学版)》继续坚持正确的办刊宗旨和办刊方向，以习近平新时代中国特色社会主义思想和社会主义核心价值观为指导，贯彻党的二十大会议主要精神，坚持理论联系实际，突出医学研究的基础性、临床应用性和前瞻性，反映国内外医学科研和临床应用的优秀成果，促进医学学术交流，推动医学科研事业发展。
本刊设有基础研究、临床研究、研究简报、技术方法、调查报告、病例报告、文献综述等栏目。现为江苏省一级期刊，中国知网、万方、维普、中国医学文摘系列、中国药学文摘、中文科技资料目录—医药卫生和中医药等收录期刊；中国期刊全文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评估数据库源期刊；自2018年起，连续被国际数据库日本JST China收录。2013—2015年连续3年荣获中国科技论文在线优秀期刊二等奖，被评为2018年度、2016年度中国高校编辑出版质量优秀科技期刊，获江苏省科协精品科技期刊Ⅱ类项目资助，2021年度获评江苏省高校特色期刊、全国高校医药期刊协会优秀期刊，2023年度获评江苏省高校特色期刊。编辑部2017年入选中国高校科技期刊“优秀团队”，并先后获得江苏省科技期刊学会工作“贡献奖”、第六届江苏省科技期刊金马奖“创新团队奖”、第八届江苏科技期刊金马奖“十佳创新团队奖”、南通大学“巾帼示范岗”等荣誉称号。